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住宅ローン控除の年末調整は何を出す?2年目以降の書類

お金と手続き

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運営:株式会社紺野商事 カベウチ編集部(編集方針)宅地建物取引業 東京都知事(1)第111070号

住宅ローン控除の年末調整は、会社員なら2年目から勤務先で受けられます。勤務先に出す書類は、借入先が「調書方式」かどうかで変わります。年末残高等証明書が届かないときは、控除証明書に年末残高が書かれているかを先に見ます。

結論2年目からは控除申告書を勤務先へ。残高証明書は証明書方式のときだけ

  • 住宅ローン控除は、最初の年は確定申告、2年目以降は会社員なら年末調整で受けられる
  • 証明書方式なら、税務署の控除証明書兼申告書と、金融機関の年末残高等証明書を勤務先に出す
  • 調書方式なら、年末残高は原則として控除証明書に記載される。勤務先に出すのは控除申告書
  • 調書方式の電子の控除証明書は毎年11月中旬ごろ届く。e-Taxで受け取る同意は、おおよそ10月末まで

国税庁のタックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)をもとに、2026年10月9日に確認した内容です。

この記事は制度の一般的な説明です。2026年10月時点の国税庁などの公開情報に基づいており、個別の税額や適用の可否は税務署・税理士にご確認ください。

住宅ローン控除の年末調整で、勤務先に出すものは?

2年目の年末調整で勤務先に出すのは、税務署から届く控除証明書兼申告書です。証明書方式の借入れなら、金融機関の年末残高等証明書も一緒に出します。

正式な名前は「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書兼給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」です。借入先が2か所以上なら、すべての年末残高等証明書を出します(国税庁 No.1211-1)。

住宅ローン控除の年末調整で勤務先に出す書類は、証明書方式なら控除証明書兼申告書と年末残高等証明書、調書方式なら控除申告書で、年末残高は控除証明書に原則として記載される

最初の年の確定申告で使う書類は、リフォーム減税の確定申告と必要書類で確かめられます。

年末残高等証明書が届かないのはなぜ?

年末残高等証明書が届かないのは、借入先が「調書方式」に対応している場合があるためです。調書方式とは、金融機関が税務署に年末残高の調書を出し、国税当局から本人に年末残高の情報が届く仕組みのことです。

令和4年度の税制改正で、手続きは証明書方式から調書方式に変わりました。対象は、調書方式に対応した金融機関から借り、マイナンバーなどを書いた適用申請書を借入先に出した人です(国税庁 No.1230)。

  • 控除証明書に、年末残高の金額が書かれているかを見る
  • 借入れのときに「住宅ローン控除の適用申請書」を出したかを、借入先に確かめる
  • どちらか分からなければ、残高証明書が要るかを借入先か税務署に聞く

リフォームでローンを組んだ人が控除を使える条件は、住宅ローン控除をリフォームで使う条件にあります。

調書方式の控除証明書は11月中旬〜下旬に届く。書面は2年目にまとめて

調書方式の控除証明書は、電子なら毎年11月中旬ごろ、e-Taxのメッセージボックスに届きます。書面なら入居2年目の11月下旬ごろ、2年目以降の控除期間の分がまとめて郵送されます(国税庁 No.1230)。

証明書方式で借りている人は、控除証明書の届く時期が上と違います。手元に届く時期は、税務署の案内で確かめてください。

  • 電子で受け取るには、e-Taxで電子交付に一括で同意する手続きを、おおよそ受け取りたい年分の10月末までに済ませる
  • 勤務先に書面で出すときは、国税庁の「QRコード付証明書作成システム」で印刷できる
  • 年末調整ではなく確定申告で受ける年は、控除証明書を申告書に添付する
住宅ローン控除は1年目に確定申告で申し込み、会社員は2年目から毎年の年末調整で受ける(国税庁タックスアンサーNo.1211-1・No.1230)

3年目以降の書面は、年末残高を返済計画表で確かめる

調書方式で書面の控除証明書を受け取った人は、3年目以降の年末残高を返済計画表などで確かめます。書面では、年末残高の欄が入居2年目の分にしか書かれていないためです(国税庁 No.1230)。

  • 調書方式なら、電子の控除証明書や控除申告書のデータに年末残高が原則として記載されている
  • 記載がない年は、借入先の返済計画表などで確かめる
  • 借入れが2か所以上あるときや、控除を重ねて受けるときは、対象の年末残高が書かれているかを見る

制度の中身は年度ごとに変わることがあります。年末調整の前に、勤務先の担当や税務署で確かめてください。

よくある質問

Q. 住宅ローン控除は2年目も確定申告が要りますか?

会社員なら、2年目以降は勤務先の年末調整で受けられます(国税庁 No.1211-1)。確定申告で受けることもでき、その場合は計算明細書と年末残高等証明書を、調書方式なら控除証明書のデータか書面を添えます。

Q. 年末残高等証明書はいつ届きますか?

届く時期は金融機関ごとに違います。借入先の案内を確かめ、調書方式の借入れなら、年末残高は控除証明書に原則として記載されるので、まずそちらを見てください。

Q. 勤務先に書類を出す締め切りはいつですか?

締め切りは勤務先ごとに決まります。年末調整の書類を集める案内が来たら、その期日までに控除申告書を出し、証明書方式なら年末残高等証明書も添えます。

まとめ

  • 住宅ローン控除の年末調整は2年目から。勤務先には控除申告書を出す
  • 年末残高等証明書を出すのは証明書方式のとき。調書方式なら残高は控除証明書で確かめる
  • 調書方式なら電子の控除証明書は11月中旬ごろ届く。e-Taxの同意はおおよそ10月末まで

11月に控除証明書が届いたら、年末残高の欄を先に見て、空いていれば返済計画表を手元に用意します。減税の全体の流れは、リフォーム減税の基本ガイドで確かめられます。

出典

この記事は、次の資料を確かめて書いています。

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